Después del mazazo que supuso la no clasificación para el Europeo de 2005 al perder en la última fase previa (la denominada "Ronda Élite") ante Suiza, a la postre campeona del torneo, y que significó la primera ausencia de España en veinte años a la fase final de un campeonato de la categoría, el año 2006 debía ser el de la recuperación. Una nueva hornada de chavales, la del 89, se ponía bajo la sabia batuta de Juan Santisteban para intentar devolver a España al lugar de honor al que nos tenían acostumbrados nuestros jóvenes futbolistas, y lo cierto es que, como casi siempre, el equipo que acudió a Luxemburgo para disputar la fase final era uno de los grandes favoritos para alzarse con la victoria. Tras una fase de clasificación no demasiado exigente celebrada en Chipre ante el cuadro local, Gales y Moldavia, y que se superó con una destacada actuación del valencianista Aarón Ñíguez, España llegaba llena de confianza a la cita luxemburguesa, dispuesta a confirmar las expectativas que había vuelto a levantar este nuevo grupo. El Campeonato de Europa se celebró del 3 al 14 de mayo con el formato habitual de dos grupos de 4 equipos. Equipos clásicos como Francia, Portugal o Inglaterra no habían logrado su pase, y por contra la pujanza de los países del este de Europa iba en aumento, con la presencia de Rusia (debutante en un campeonato sub'17), República Checa, Hungría y Serbia y Montenegro. Además del anfitrión Luxemburgo, completaban el cartel una sorprendente Bélgica y la sempiterna Alemania. España quedó encuadrada en el grupo A, junto a Luxemburgo, Hungría y Rusia.
Debutar contra Luxemburgo, débil selección que acudía por vez primera a un europeo de categorías inferiores (y gracias a ser el organizador), debía servir para empezar el torneo con buen pie, y como no podía ser de otra manera el guión se cumplió a rajatabla: un cuarto de hora bastó para sellar la abismal diferencia entre ambos conjuntos y dejar finiquitado el partido con dos goles de Ñíguez y otro del atlético Rubén Ramos, amén de un buen puñado de acercamientos peligrosos y varios disparos a la madera. No había historia posible en un choque tremendamente desigual e impropio de un Campeonato de Europa, y en el descanso Santisteban se decidió a dar la alternativa a uno de los jugadores del 90, el delantero Bojan Krkic, todavía con 15 años, que desde luego no dejó pasar la oportunidad para darse a conocer definitivamente ante los seguidores del fútbol base. Y es que el jugador del Barcelona, que reemplazó al bigoleador Aarón, se destapó con un hat-trick en apenas media hora: primero aprovechando una buena dejada de Ramos, luego cazando oportunamente un balón suelto en el área y finalmente culminando una preciosa jugada personal para cerrar el marcador definitivo, que fue de 7-1 para los nuestros. Entre medias del show de Bojan hubo tiempo para que el jugador del Villarreal José Hermosa subiera al marcador el gol que en ese momento significaba la manita y hasta para que Luxemburgo hiciera el gol del honor por medio de Pjanic, que sorprendió a Sergio Asenjo con un lanzamiento lejano.
El segundo partido se presumía mucho más igualado, ya que enfrente estaría Rusia, que también había vencido en la primera jornada. Así pues, ganar significaba clasificarse virtualmente para las semifinales, ya que sólo una amplia derrota ante Hungría en la última jornada pondría en peligro el pase a la penúltima ronda. Sorprendentemente tras su exhibición ante los organizadores, Santisteban no eligió a Bojan para sustituir al lesionado Emilio Nsue, sino que optó por dejar al barcelonista en el banco y dar la alternativa al centrocampista del Villarreal Marcos Gullón. La primera parte transcurrió sin muchas ocasiones de peligro, en buena medida por el férreo entramado defensivo tejido por los rusos del que sólo Aarón era capaz de liberarse, y con cuentagotas, por lo que en el descanso Santiesteban no tuvo más remedio que dar entrada a Bojan para ver si el benjamín del grupo era capaz de cambiar el panorama. Y como no podía ser de otra manera, el chaval de Linyola volvió a ser el principal referente ofensivo de un equipo que casualmente (o quizá no) se mostró mucho más incisivo que en el primer tiempo. Tras un par de buenos intentos de Rubén Ramos, Bojan regaló el primer gol a Aarón Ñíguez, que aprovechó un pase de la muerte del barcelonista en el minuto 57. Apenas cinco minutos después, el recién ingresado Cristian Vergara remachó un disparo de su compañero en el Barça que casi se colaba, y a cinco minutos del final fue Gullón el que cazó un despeje del portero ruso, a disparo cómo no de Bojan, para hacer el 3-0 definitivo.
La clasificación para semifinales estaba encarrilada pero Santisteban no quería sorpresas y, sabiendo de la más que probable abultada victoria de Rusia ante Luxemburgo, contra Hungría decidió sacar a su mejor once posible para evitar posibles combinaciones que dieran con España en la calle o clasificada como segunda de grupo. Con Gullón fuera del equipo por enfermedad, Aarón Ñíguez formó pareja de ataque con Rubén Ramos, que fue el encargado de inaugurar el marcado pasado el cuarto de hora al rematar un buen centro del osasunista César Azpilicueta. Llovía a cántaros sobre Luxemburgo y España se dedicó a mantener la posesión, con especial protagonismo para otro de los más jóvenes del grupo, el mediocentro Ignacio Camacho, titular indiscutible ya desde la fase de clasificación. Sergio Asenjo tuvo que solventar un par de acercamientos húngaros, propiciados más por la relajación propia que por el acierto del rival, y ya cerca del final tuvo que ser Bojan Krkic, que había vuelto a entrar en el descanso, el que colocara el tranquilizador 2-0 al transformar un penalti. España acababa como primera de grupo con pleno de victorias y teniendo en sus filas al máximo realizador del torneo, un Bojan que jugando sólo las segundas partes llevaba ya 4 goles.
El rival en semifinales sería la República Checa, que se había paseado junto a Alemania por el grupo B y que se había adjudicado la segunda plaza por su menor capacidad anotadora. Además, tenía la baja de su principal goleador, Tomas Necid, lo que parecía decantar un poco más la balanza hacia el lado español, a pesar de que los nuestros también tenían las bajas de Nsue y Azpilicueta. Por primera vez Santisteban le daba la titularidad a Bojan y la tripleta que formaba el barcelonista con Aarón y Ramos parecía suficiente aval como para pensar en una nueva victoria para España, pero desde el primer momento se vio que algo fallaba en el equipo. La ordenada defensa checa abortaba cualquier intento de penetración y su trabajador centro del campo ahogó al nuestro, desactivando por completo el juego español. El partido pintaba parecido al disputado ante Rusia, pero esta vez no teníamos la opción de Bojan como revulsivo y además nos encontramos con dos grandes obstáculos en el camino: primero el golazo del checo Pekhart, que sorprendió a Asenjo con un voleón desde treinta metros, y luego la expulsión por doble amarilla del central del Atlético Roberto García justo antes del descanso. Cuál fue el golpe más duro es díficil de saber, pero el caso es que España desapareció del campo en la segunda parte y, aunque dominaba tímidamente, nunca dio sensación de peligro. En el minuto 59 llegaría la sentencia, al culminar con maestría Vošahlík una veloz jugada de los checos, y de ahí al final sólo la impotencia de unos chavales que no pudieron sobreponerse a las adversidades y que acabaron cayendo ante un equipo inferior pero que supo jugar sus bazas con inteligencia.
En el amargo partido por el tercer puesto España se encontró con Alemania, también eliminada por sorpresa en semifinales ante una Rusia muy defensiva (pero que en una bonita final ante los checos acabaría llevándose el título en los penaltis). La final que todos esperaban se había convertido en una descafeinada batalla por la tercera plaza en la que los seleccionadores optaron por dar minutos a los menos habituales. Sin duda el que mejor aprovechó la oportunidad de Santisteban fue el guardameta atlético Jesús Coca, principal artífice de que Alemania no se fuera al descanso con ventaja al desbaratar las ocasiones teutonas. En la segunda parte hubo más movimiento con la entrada de jugadores como Bojan Krkic, Manuel Fischer, Marko Marin y Toni Kroos, y de hecho fueron los goleadores de ambos equipos (Bojan y Fischer) los que se encargaron de mover el marcador, primero el español y luego el alemán. En la prórroga hubo multitud de ocasiones para que cualquiera de las dos selecciones se llevara el gato al agua pero los porteros ganaron la batalla a los delanteros y se llegó a la tanda de penaltis. Ahí Coca resultó decisivo, deteniendo los lanzamientos de Fischer, Schorch y Kroos, y España se hizo con el premio de consolación, poniendo punto final al campeonato con una sonrisa y con Bojan Krkic como pichichi. Y es que si bien el resultado final del torneo no fue todo lo bueno que se esperaba, al menos este Europeo sirvió para tranquilizarnos y demostrar que tras el aciago 2005 sólo había un simple mal año y no un problema más profundo para la prolífica cantera hispana.